В состав Шкотовского муниципального района входят 2 городских и 5 сельских поселений:
- Смоляниновское городское поселение
- Шкотовское городское поселение
- Новонежинское сельское поселение (Новонежино, Анисимовка, Лукьяновка, 53-км)
- Подъяпольское сельское поселение (Подъяпольское, Стрелок, Мысовой)
- Романовское сельское поселение (Романовка, Речица, Царевка, Моленый Мыс)
- Центральненское сельское поселение (Центральное, Новороссия, Новая Москва, Смяличи, Стеклянуха)
- Штыковское сельское поселение (Штыково, Многоудобное)