Район носит имя славного мореплавателя Николая Яковлевича Шкота, который в 1856 году прибыл на Дальний Восток на пароходе – корвете «Америка» и участвовал в освоении южного побережья Приморья.
28 июня 1865 года прибыли сюда поселенцы из низовья Амура, отпускные солдаты и матросы. В это же время небольшая группа поселенцев была доставлена на военном транспорте «Гиляк». Расселили их в устье реки Цимухэ, где и основали населенный пункт Шкотово. Поселенцы застали долину Цимухэ занятую китайцами. Здесь было несколько десятков фанз, окруженных полями. Китайцы возделывали различные растения мало знакомые или даже вовсе незнакомые русским, именно: различные сорта буды, кукурузы, гаолян, мелкие боды, китайскую капусту и прочее.
Подняться на ноги село смогло только после 1877 года, когда сюда из окрестностей залива Ольги были переведены 35 крестьянских семей, создавшие в Шкотово основной костяк жителей.
В 1883 году было основано село Штыково (Майхе), в 1884 году – с. Многоудобное, в 1885 году – с. Новонежино, в 1900 году – Моленый Мыс.
На 33 тыс. жителей района до революции был 1 врач и 3 фельдшера, в с. Шкотово была больница на 5 коек.
В годы Великой Отечественной войны 1941 – 1945 г. г. из Шкотовского района были призваны в Вооруженные силы 6342 человека.
Муниципальное образование Шкотовский район создано на основании постановления Думы Приморского края от 1 ноября 1996 года №478 «Об административно – территориальном образовании Шкотовский район Приморского края», изданного в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 19.07.96 года №1043 «О преобразовании города Большой Камень Приморского края в закрытое административно – территориальное образование».
